作为与深圳经济特区共生共长的医院，市二医院医疗实力雄厚，专科设置齐全，设置分院1个（深圳市中西医结合医院），设有66个临床及医技辅助科室，共获批国家、省、市临床重点专科23个，其中国家临床重点专科2个（骨科、神经外科）、广东省高水平临床重点专科6个（骨科、神经外科、耳鼻咽喉科、烧伤科、重症医学科、口腔科）、广东省中医重点专科1个（中西医结合肿瘤科）、深圳市临床重点专科（专病）11个（脊柱外科、运动医学科、周围神经手足外科、泌尿外科、血液内科、康复医学科、肾内科、介入科、临床护理、临床药学、脑卒中）、深圳市中医特色专科3个（老年病科、针灸推拿科、肿瘤科）。
医院高度重视学科建设，不断强化学科建设的龙头地位，科学进行顶层设计，优化学科布局，实施学科建设“2+8+N”发展计划（培育2个重大疾病区域医疗中心、8个国家临床重点专科、N个省级临床重点专科），打造结构合理、优势突出、特色鲜明的高质量高水平学科发展体系。以创新学科管理模式为抓手，坚持分层建设、分级支持、连续考核、动态调整原则，打造结构合理的学科建设体系；以提升临床专科能力为关键，实施高水平学科“揭榜挂帅”及“赛马制”项目，培育优势突出的国家或省级临床重点专科；以学科集群化发展为核心，实施临床重点学科群建设项目，打造特色鲜明的临床重点学科群，力争国家或省级重大疾病区域医疗中心。
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