陈超

研究员

PI介绍

深圳市转化医学研究院(深圳市第二人民医院),研究员,生物化学与分子生物学博士。入选2018年全国博士后创新人才支持计划。主持国际(地区)合作与交流项目(中-俄)、国家重点研发计划项目-子课题、国家青年基金、博士后面上项目。以第一作者、共同第一作者、共通讯作者在 Nature Microbiology、PNAS、Nature Communications、mBio等期刊发表SCI论文。

教育背景

2012年09月-2017年12月 武汉大学 药学院 博士

2008年09月-2012年06月 武汉大学 药学院 学士

工作经历

2021年7月至今,深圳市第二人民医院转化医学研究院,研究员 

2018年04月至2021年05月,武汉大学 中南医院,博士后

研究方向和兴趣

(1)微生物表观遗传修饰

表观遗传以不改变基因的方式,精准调控基因表达,丰富了生物遗传多样性,具有不容忽视的重要生物医学意义。其中,发掘新型表观遗传修饰的特征及其应用价值也是极其关键的环节。本人致力于运用SMRT和Nanopore等新型测序技术,绘制DNA磷硫酰化修饰完整图谱,鉴定新型修饰特征,建立起完善的磷硫酰化修饰表征方案。基于微生物表观修饰特征,研究DNA磷硫酰化和甲基化间的相互作用及其共进化特征,探究DNA磷硫酰化系统和CRISPR系统互作网络及其应用。由于表观遗传在调控基因表达和生理代谢中展现出重大作用,决定了其参与到胞内环境稳态平衡、微生物致病性、防御系统建立等重要生命活动中,在微生物进化、疾病防治、噬菌体疗法等领域的奠定理论根基,展现实践潜力。

(2)工程化噬菌体的生物医学应用

自然界中无处不在的噬菌体,凭借其数量庞大、种类繁多,构筑成蕴含着丰富生物遗传密码的天然宝库。众所周知,T4 DNA连接酶和T7 RNA聚合酶等经典噬菌体元件得以开发应用,推动了实验技术的革命,成为科研探索中必要的遗传操作技术。由于临床中抗生素滥用,超级细菌肆虐全球,亟待有效的抑菌杀菌新技术开发,而噬菌体基因组上蕴含着高效的裂解酶、抗菌肽等元件,具有极其重要的挖掘潜力。深入开展对自然界中噬菌体的分离鉴定工作,解析噬菌体与宿主间的复杂互作网络,发掘噬菌体基因组上潜在的转座元件、调控元件和抗菌元件等,展现出在临床病原菌灵敏检测和耐药菌高效防治领域的生物医学应用价值。此外,开发有效的噬菌体遗传操作策略,构筑完善的噬菌体工程化体系,建立起丰富的工程化噬菌体文库,将助力于推动噬菌体在临床诊疗方面的理论研究和应用开发。

科研项目


1.国家自然科学基金委,国际(地区)合作与交流项目(中-俄),32361133560,细菌中DNA磷硫酰化限制-修饰系统与Argonaute系统的相互作用研究,2024-01至2026-12,150万元,在研,主持;

2.科技部,国家重点研发计划项目-子课题,2022YFA0912503-03,高效污染物代谢元件构建及基因组编辑系统优化,2022-11 至 2027-10,35万元,在研, 主持;

3.青年科学基金,31800044,利用Nanopore测序技术绘制细菌磷硫酰化修饰的基因组图谱,2019/01-2021/12, 25万元,在研,主持;

4.博士后创新人才支持计划,2018年,生物学;

5.博士后科学基金面上资助(一等),2018M640727,基于纳米孔测序技术的细菌基因组磷硫酰化修饰精细定位,2018/09-2020/03, 8万元,结题,主持。

代表性成果

1. Jiang S#, Chen C#, Huang W, He Y, Du X, Wang Y, Ou H, Deng Z, Xu C, Jiang L, Wang L, Chen S*. A widespread phage-encoded kinase enables evasion of multiple host antiphage defence systems. Nat Microbiol. 2024 Dec;9(12):3226-3239.

2. Chen C#, Wang L#, Chen S, Wu X, Gu M, Chen X, Jiang S, Wang Y, Deng Z, Dedon PC, Chen S*. 2017. Convergence of DNA methylation and phosphorothioation epigenetics in bacterial genomes. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 114:4501-4506.

3. Cao B#, Chen C#, DeMott MS#, Cheng Q, Clark TA, Xiong X, Zheng X, Butty V, Levine SS, Yuan G, Boitano M, Luong K, Song Y, Zhou X, Deng Z, Turner SW, Korlach J, You D*, Wang L*, Chen S*, Dedon PC. 2014. Genomic mapping of phosphorothioates reveals partial modification of short consensus sequences. Nature communications 5:3951.

4. Jiang S, Chen K, Wang Y, Zhang Y, Tang Y, Huang W, Xiong X, Chen S, Chen C*, Wang L*. A DNA phosphorothioation-based Dnd defense system provides resistance against various phages and is compatible with the Ssp defense system. mBio. 2023 Jun 1:e0093323.

5. Xu C, Rao J, Xie Y, Lu J, Li Z, Dong C, Wang L, Jiang J*, Chen C*, Chen S*. The DNA Phosphorothioation Restriction-Modification System Influences the Antimicrobial Resistance of Pathogenic Bacteria. Microbiology Spectrum. 2023 Feb 14;11(1):e0350922.