深圳市第二人民医院是国家首批住院医师规范化培训基地（基地编号：44126），目前拥有住培专业基地25个，其中康复医学科为省级住培重点专业基地。两家协同单位：宝安区中心医院、深圳市中西医结合医院。共有带教师资633名，其中博士导师23人，硕士导师164人。目前在培住院医师763名，为每位住培医师安排一对一责任导师。
医院临床技能培训中心（以下简称技能中心）于2018年3月正式启用。中心建筑面积近1400平方米，培训设施设备共计7千余万元。拥有模拟重症监护室、模拟产房、12个标准化OSCE考站等各种临床模拟训练及考核场地。并配置SimMan 3G综合模拟人、Simmam产妇模拟人、SimNewB无线智能新生儿模拟人等各种现代化高端教学设备以及内外妇儿急救护理基本技能训练设备，能满足住培医师培训期间的各项训练需求。本中心以确保医学教育公平，保障医疗安全为宗旨，打造符合现代医学模拟医学教育的模拟医学中心。本中心为AHA 基础生命支持及高级生命支持培训基地，针对住培相关专业提供国际认证的必修课程。2022年入选首批国家卫生健康委外科基础技能提升项目市级培训基地。
2023年成为深圳市专科医师培训试点单位，目前有六个专培方向：妇产，肾内，急诊，儿科，神外，麻醉专业。
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